Do zadań Pełnomocnika ds. ochrony informacji niejawnych należy m.in:

1. zapewnienie ochrony informacji niejawnych, w tym środków bezpieczeństwa fizycznego,
2. zapewnienie ochrony systemów teleinformatycznych, w których są przetwarzane informacje niejawne,
3. weryfikacja i bieżąca kontrola zgodności funkcjonowania systemu teleinformatycznego ze szczególnymi wymaganiami bezpieczeństwa oraz przestrzegania procedur bezpiecznej eksploatacji,
4. zarządzanie ryzykiem bezpieczeństwa informacji niejawnych, w szczególności szacowanie ryzyka,
5. kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji, w szczególności okresowa (co najmniej raz na trzy lata) kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów,
6. opracowywanie i aktualizowanie, wymagającego akceptacji kierownika jednostki organizacyjnej, planu ochrony informacji niejawnych w jednostce organizacyjnej, w tym w razie wprowadzenia stanu nadzwyczajnego, i nadzorowanie jego realizacji,
7. prowadzenie szkoleń w zakresie ochrony informacji niejawnych,
8. prowadzenie zwykłych postępowań sprawdzających oraz kontrolnych postępowań sprawdzających  w stosunku do zatrudnionych pracowników,
9. prowadzenie aktualnego wykazu osób zatrudnionych, które posiadają uprawnienia do dostępu do informacji niejawnych, oraz osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub je cofnięto,
10. nadzór nad prowadzeniem kancelarii dla materiałów niejawnych, w tym nad prowadzeniem rejestrów,
11. nadzór nad udostępnianiem lub wydawaniem dokumentów osobom do tego uprawnionym.